Het epische verhaal van The Legend of Zelda: The Wind Waker wordt vervolgd met een nieuw avontuur van Link, verdwaald en alleen in onbekende wateren. Met intuïtieve Touch Screen besturing en innovatieve puzzels biedt The Legend of Zelda: Phantom Hourglass nieuwe uitdagingen voor fans van de serie en een gemakkelijk te volgen introductie voor spelers die The Legend of Zelda nog niet kennen. Maar de tijd dringt, en alleen het Phantom Hourglass kan Link de minuten bezorgen die hij nodig heeft om te overleven.

- Met de stylus is het besturen van Link gemakkelijker dan ooit. Tik op het Touch Screen om Link te laten bewegen, of cirkel de stylus om hem heen om met het zwaard te zwaaien. Spelers kunnen zelfs een route voor zijn boemerang tekenen, en die op moeilijk te bereiken doelwitten richten.
- Spelers kunnen de landkaart op het bovenste scherm zetten om er snel naar te kunnen kijken, of op het Touch Screen om aantekeningen te maken, vijanden te bestuderen, of de vaarroute tekenen die hun boot moet volgen terwijl zij de kanonnen bemannen.
- Strijd met een vriend via een draadloze LAN verbinding: stuur Link door speciale kerkers om de Triforce te vangen, of beveel de vijandelijke strijdkrachten.